行为人主动向纪委投案或者因形迹可疑被纪委盘问教育后如实交代本人犯罪行为的，应当认定为自首，这一点实践中一般不存在疑议。但行为人被纪委“双规”后被迫如实交代自己的犯罪行为的，是否应认定为自首，则有不同意见。
有的认为这种行为仍然符合自首的成立条件，应当认定为自首；有的认为这种行为刑法和司法解释都没有明确规定，不应当认定为自首；还有的则认为纪委的“双规”措施相当于司法机关的强制措施，在某种程度上甚至更为严厉，因此，行为人在“双规”期间如实供述的罪行与纪委所掌握的罪行不是同种罪行的，应当以余罪自首论，如果供述的是同种罪行，则不应当以自首论。江苏省《关于职务犯罪中自首认定相关问题会议纪要》认为，纪检、监察、检察机关尚未发觉行为人的犯罪事实，仅因形迹可疑或调查取证需要，找行为人教育、盘问或取证，行为人如实交待自己犯罪事实的，应视为自首。
纪检、监察、检察机关已经发觉行为人的犯罪事实，行为人如实交待自己的犯罪事实，交待的事实与纪检、监察、检察机关学制的事实性质相同的，不应视为自首；性质不同的，应视为自首。
实践中，纪委在查处案件时，有可能已经掌握了一定的犯罪线索和证据，基本上可以认定行为人实施了犯罪行为。纪委在对行为人查问核实并作出党纪政纪处分后，即将案件移交司法机关处理。由于行为人的犯罪事实已为纪委所掌握，行为人又是一般性地承认纪委所指证的犯罪事实，并未供述新的犯罪事实的，所以只能算是坦白，不能认定为自首。
实践中还有这样一种情况，即当纪委发现所查处的特定案件有可能构成重大犯罪时，往往会同公安、检察等司法机关对案件展开调查，当对行为人适用司法强制措施后，行为人被迫承认犯罪事实的，则不应认定为自首。
行政执法机关移交案件中如何认定自首？我认为行政执法机关在执法过程中发现的刑事案件，已经掌握基本犯罪事实，从而移交司法机关的，可参照江苏省《关于职务犯罪中自首认定相关问题会议纪要》的精神，不应认定为自首。